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WinXPにCygwinをインストールして動作させていますが、
起動時にDLLが見つかりませんと連発します。
何かコマンドを実行するたびにさまざまなDLLが読み込めないと
エラーがでるので、DLLはすべて読み込めてないようです。
PATHの設定を変えたりしてみたのですが、見つけられないようです。
解決方法やアドバイスがありましたらよろしくお願い致します

情報として、
どんな DLL が読み込めないとエラーがでるか、
その DLL は存在するのか (Explorer で検索してみて下さい)、
そのエラーの出るコマンドは何か (setup.exe でインストールされたもの?)、
Cygwin 起動時 (batch ファイル) の PATH、
Shell (bash) の設定の PATH、
などがあればアドバイスしやすいと思います。

私の場合、
・batch ファイルの PATH は、設定なし。
・~/.bashrc の PATH は
PATH=/usr/local/bin:/usr/local/apache/bin:/usr/local/tex/bin:/usr/local/gnuplot/bin:/bin:/sbin:/usr/i686-pc-cygwin/bin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/apache/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/htmllint:/usr/local/canna/bin:.
となってます。

bash を起動した後で、startx してますので、.bashrc 側に PATH を含めています。

読み込めないDLLはいろいろありまして、
ひとまずcygbz21.0.dllが読み込めないのは確認できています
cygbz21.0.dllは/binに存在しています
エラーを出しているコマンドはバッチで動作させているのでわかりませんが、
すべてsetup.exeでインストールしいます。
PATHですが、起動バッチでもbashでの設定でも/binは設定されているのですがなめみたいです。
実際に/binのexeは起動できています。
何度かインストールを繰り返しているうちにおかしくなったような気がします。
レジストリ等も含めてcygwinを初期化する方法は無いのでしょうか？

もう少し考えて文章を書きませんか。

「起動時に」というのは、なにを起動しようとしたときなのでしょうか。
スタート→プログラム→Cygwin→Cygwin Bash Shell
で起動するものでしょうか。それとも他のものですか。

> cygbz21.0.dllは/binに存在しています
ウチでは cygbz21.0.dll は存在しません。
cygbz2-1.dllは存在しますが。

> エラーを出しているコマンドはバッチで動作させているのでわかりませんが、
何がエラーを出しているのかを調べない限り、
アドバイスのしようがありません。
それを調べられるのはアルエさんだけです。

> PATHですが、起動バッチでもbashでの設定でも/binは設定されているのですがなめみたいです。
で、実際にはなにが設定されていますか。
設定しているつもりで、実はなにも設定されていない、
ということはよくあります。
Windows側のシステム環境変数、ユーザ環境変数も含めて
設定している内容を掲示してみてはいかがでしょう。

「な」さんの言うとおりかな。
WinXP で設定している PATH、Cygwin を起動する batch の中の PATH、Cygwin の Shell (標準だと bash) の PATH を教えていただくのが回答しやすいです。(解答できるかどうかは別ですが・・・)
うちの PC には、cygbz2-1.dll, cygbz21.0.dll 共に存在 (/bin にある) します。(ついでに Gnome を入れた際に入れた cygbzip2.dll もあります)
cygbz2-1.dll は名前からも分かるように bzip2 の libbz2_1 のもので、cygbz21.0.dll は libbz2_0 のものです。
うまく bzip2 のパッケージと連携できていないのかもしれませんので、bzip2 のパッケージを reinstall してみてはいかがでしょうか。
あと、DLL は実行権限が必要なので、確認してみて下さい。

ちなみに完全にアンインストールする方法は、
http://cygwin.com/faq.html#SEC19
に記述されています。