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回答ありがとうございます。
ソフトウェアの名前はQuartus�Uなんですが。
早速、明日試してみようかと思います。
ちなみにls.exeやcygwin.dllがおいてある階層で実行しても動作しません。
起動する際は --login -iをつけています。

> ソフトウェアの名前はQuartus�Uなんですが。
Quartus�Uについて検索してみましたがいまのところ
Cygwinがどんな形で入っているかこちらでは良くわかりません。
すいません。

> ちなみにls.exeやcygwin.dllがおいてある階層で実行しても動作しません。
その場合でも、PATHに"現在のディレクトリ"が含まれていないとシェルはコマンドを見付けられません。やはり
$ ./ls
という風にパスを指定( "./"が現在のディレクトリ )する必要があります。

> 起動する際は --login -iをつけています。
/etc/profileが無い、とかあっても読みこまない？
あるいはそこでPATHが設定されてないのでしょうか…。
ひょっとするとそもそも"c:\cygwin"(cygwinの入ったフォルダのwindowsパス名。Quartus �Uではcygwinの場所がちがうなら適宜読みかえてください )が"/"にmountされてない、というようなこともあるかもしれません。mountがどのようになっているかは、コマンドプロンプトでcygwinのcommandが使えるなら

> mount

と打てば表示されるかと思います。一度調べておくと良いでしょう。

回答ありがとうございます。
教えていただいた方法で試してみたのですがだめでした。
結局、ソフトをすべてアンインストールして再度インストールすとなんの問題もなく動きました。

初歩的名質問に答えていただきありがとうございました。