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Cygwinをインストールする際にインターネットからすべてのパッケージをダウンロードしインストールするという手順を踏みました。
その後、無事にbash shellを立ち上げ、startxと入力してみましたが、waiting for X server to shut downと出てウィンドウマネージャーが立ち上がりません。
.xinitrcの内容は
#!/bin/sh
# $Xorg: xinitrc.cpp,v 1.3 2000/08/17 19:54:30 cpqbld Exp $

userresources="$HOME"/.Xresources
usermodmap="$HOME"/.Xmodmap
sysresources=/usr/X11R6/lib/X11/xinit/.Xresources
sysmodmap=/usr/X11R6/lib/X11/xinit/.Xmodmap

# merge in defaults and keymaps

if [ -f $sysresources ]; then
xrdb -merge $sysresources
fi

if [ -f $sysmodmap ]; then
xmodmap $sysmodmap
fi

if [ -f $userresources ]; then
xrdb -merge $userresources
fi

if [ -f $usermodmap ]; then
xmodmap $usermodmap
fi

# start some nice programs
wmaker &

wmakerをtwmに変えてstartxを実行しても駄目でした。
すべてインストールしたはずですが何か問題があるのでしょうか。
# start some nice programs
exec xterm -sl 1000 -sb -rightbar -ms red -fg yellow -bg black -e /usr/bin/bash -l
のようにした場合
xtermは起動します。

> その後、無事にbash
shellを立ち上げ、startxと入力してみましたが、waiting
for X server to shut
downと出てウィンドウマネージャーが立ち上がりません。
> .xinitrcの内容は
>…(省略)…
> # start some nice programs
> wmaker &
>
.xinitrcの最後の命令はexecすべし、というのが基本。
そうしないと最後の命令を実行した後ただちにXが終了して�
ｵまいます。
これは何もCygwinに限ったことではありません。
ですので、wmaker & のところを
exec wmaker
にしてください。

> # start some nice programs
> exec xterm -sl 1000 -sb -rightbar -ms red -fg yellow
-bg black -e /usr/bin/bash -l > のようにした場合
> xtermは起動します。
これはもちろん正しくexecしてあるからです。

exec wmaker &とすると
waiting for X server to shut downになり
exec wmakerにすると
wmaker fatal error:it seems that there is already a window maneger running
waiting for X server to shut down
というエラーになります。
execしても駄目でした。

> exec wmaker &とすると
> waiting for X server to shut downになり
& はつけないでください。
> exec wmakerにすると
> wmaker fatal error:it seems that there is already a window maneger running
> waiting for X server to shut down
> というエラーになります。
このエラーメッセージは、wmakerを起動しようとしたが既に
別のwindowmanagerが起動されてるようだ、と言っている
わけですが、おそらくmultiwindowモードでXが起動しているのだと思います。multiwindowモードはwmakerやtwm のようなwindow managerと両立しません。
もしもmultiwindowモードではなくwmakerをwindow managerとして使いたいのであれば、ホームディレクトリに.xserverrcを作り、
exec /usr/X11R6/bin/XWin -clipboard -lesspointer
とでもしておくと良いでしょう。(オプションに-multiwindowを付けなければmultiwindowモードにはなりません。その他の
XWinのオプションについては
http://x.cygwin.com/docs/ug/cygwin-x-ug.html
でも見てください。)

どうも丁寧なレスありがとうございます。
上記の方法でウィンドウメーカーを起動することができました。startxが新しくなりマルチモードが追加されたようですね。初めてcygwin導入したんでいつの話かは分かりませんが。
また、startxwin.shの内容を見るとXWin -multimode -clipboard &と書いてあったのでそれを-mutimodeを削除してみてもできました。
要するにXWinは内部にをウィンドウマネージャを持っているとか書いてありました。で、そのウィンドウマネージャーはマルチモードを必要としていると。だからすでにウィンドウマネージャーが立ち上がっているとエラーを吐いたんですね。
理屈あってますでしょうか？