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自分もよくこの現象に悩まされるので
メモ代わりに書いておきます。
たぶんWin2kもWinXPも同じ方法だと思いますが、一応XPの方法を書いておきます。

まず、WinFAQの
>Windows XP のフォルダのプロパティに [セキュリティ] タブがありません
を参照してセキュリティタブを戻してください。

プロパティ→セキュリティ→詳細設定→所有者
のところでAdministrators権限をもっているユーザをクリックしてOK→OKで一旦閉じる。
再び右クリック→プロパティ→セキュリティと行って、そのユーザのフルコントロールのチェックをクリックしてOK(チェックがすでにされていてしかも変更できない場合もある)。
たぶんこれで消せると思いますが、消せない場合、詳細設定→アクセス許可でユーザの選択などを変えたり、いろいろやってみると消えるかもしれないです。

一気に最上位のフォルダを削除しようとしてもおそらく消せないので、
各フォルダ内のファイルごとにまとめて設定して削除したほうが楽かも。

恐らく各ファイルに再インストールする前のアクセス権の設定が残っているのが原因だと思います。とにかく、全部削除するのにかなりの労力を必要としますから、OSを再インストールする前に削除するのを忘れないように！
(というよりもシステムパーティションにインストールした方がいいかも)

もっと簡単に削除する方法もあるかも知れませんね。

ちょっと話が伝わってないようなので、メモ代わりに。
自力で調べてもらえるほうがうれしいのですが。

大量のファイルの所有者やアクセス権を変更するには、UNIX(Cygwin)ではコマンド chmod, chown の -Rが使えるでしょうし、Windows にもコマンド cacls /T が使えます。

ただし、上記は使うユーザがそれらのファイルの属性を変更できるような権限(例えば Administrator)を持っていることが必要ですし、権限に関する知識や注意も必要なので、at your own risk でお試しください。

書き忘れました。
Cygwin上では、アクセス権の確認と設定のためには ls -l 以外に getfacl, setfacl が必要な場合もあります。