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よろしくお願い致します。
Win2kでcygwin1005.9.0.0を使用しています。

LinuxのSSHサーバにログインすると文字化けするのでコマンドの末尾にいちいち
「2>&1 | nkf -s」
を付加する(つまり、SJISに変換)とチャンと表示されます。

それで、Cygwin側をEUCに設定しておけばいいと思いまして、

C:\cygwin\home\user01\.bash_profileに
export TERM=vt100
export LANG=ja_JP.eucJP

と記述してみましたが変化がありません。
どのようにすればいいんでしょうか?

文字化けだけ解消するなら，
cocotをsshにかます方法がスマートでしょう．
この場合，サーバ側でticでterminfoを登録しておくか，
ホームディレクトリにterminfoを保存して，
然るべき環境設定をする必要が有ります．
cygwin環境をeucにすると，
窓上のファイルの扱いが面倒になるのでお勧めしません．

当方、以下の端末エミュレータを使用してます。
EUC, UTF-8など自動判別して処理してくれますので、
重宝してます。
＃手動で変えることもできます

ck - terminal emulator
http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-PaloAlto/8946/

このケースでは、Cygwin環境をeucにする、というのはちょっと曖昧で、端末の表示する漢字コードを EUCにする、という話でしょう。

cocotも使い出があるし、近頃はckも話題にされているようですが、定番としてrxvtも挙げておきます。X上ならば ktermでしょう。
通常のCygwinのコンソールでcocotを使う時のTERMの設定の問題はこちらのほうが解決しやすいです。

標準のものより日本語対応のパッチをあてたもののほうが無難でしょう。fontの指定の仕方や euc modeなど、使い方は検索してください。(というかCygwin_JEなどの書籍にも情報は載っていると思います)
http://iwa.ath.cx/software/cygwin/rxvt.html

他に、条件によっては cygterm(+TeraTerm)も使いやすいです。SSH接続するだけならば puttyというのもあります。