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http://cygwin.com/setup.exeを実行して
インストールは完了したのですが
デスクトップやスタートメニューに
cygwinを実行するアイコンが見つかりません。
cygwin.batでHDDを検索したのですがこれもありませんでした。。。
cygwinを起動させるにはどうしたらよいのでしょうか？

インストールに失敗しているのではないでしょうか？
もしくはcygwin.batを自分で作るとか。

cygwin.batの中身
-----ここから-----
@echo off

C:
chdir C:\cygwin\bin

bash --login -i
-----ここまで-----

下記は自分の環境に合わせてください。
C: #インストール先ドライブ
chdir C:\cygwin\bin #インストール先のbinディレクトリ

一般的な意味でのインストールが完了していないのだと思います。

一度 setup.exe のちゃんとした使い方を調べなおして、正常にインストールを完了させようとすれば、画面上の "Create icon on Desktop", "Add icon to StartMenu"にも気がつくかと思います。