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ありがとうございます。
おっしゃるとおりに
texmf.cnt:permisson denied
と出てきます。

解決策についてより具体的な説明をしていただいてもいいですか？

　1月経って解決していないとは思わなかった。

> texmf.cnt:permisson denied
> と出てきます。

　それは実行ファイルではありませんし、そもそもTeXのファイルなので、普通にCygwinで
ターミナルを起動しようとしただけでは、絶対そういうメッセージは出てきません。


> 解決策についてより具体的な説明をしていただいてもいいですか？

　まず先に、具体的に何をやったかの説明がないと全然状況がわからないです。
　まず状況を具体的に説明しないと、回答に具体性は望めないと思います。

＃それこそ、回答をもらうためには、1月掛けてするくらいの沢山の説明が必要

＜中島様

まず初めにこのサイトでcygwinを落としました。
落とす際にはこのサイトを中心に行ったので特にこちらで特殊な設定はしていません。
次に落とした後にデスクトップに現れるショートカットによりcygwinを起動しますがその際にＤＯＳに

texmf.cnt:permisson denied

が表示されたということです。
私の質問はこの表示を無くすためにはどうすればよいかということです。

出ないようにするだけなら、texmf.cntというファイルの許可属性を変える。おそらく /etcの下にある。
設定情報だから、読めればいいはずなので、Read権をつける。
属性変更には chmodコマンドを使う。chmodの使い方は man コマンドでマニュアルを見る、ネットで探す、本で探す、などで。
(chmodは使用頻度が高いので覚える。少なくとも、いちいち人に聞かなくても済むようにする)

根本対策
なんの設定もしていないのなら、TeX関連の設定をするようにはなってないと思うのですが。
どこかのサイトや本などの「TeXの設定」とかをもとに.bashrcなどのファイルを変更したのではないですか?
あるいは、デスクトップのショートカットのコマンドが間違ってるとか。
TeXを使う予定が無いのなら、セットアップでtex関連のものをuninstallするのもいいかもしれません。

なんにせよ、情報が少な過ぎてお助けできません

> まず初めにこのサイトでcygwinを落としました。
> 落とす際にはこのサイトを中心に行ったので特にこちらで特殊な設定はしていません。
> 次に落とした後にデスクトップに現れるショートカットによりcygwinを起動しますがその際にＤＯＳに
>
> texmf.cnt:permisson denied
>
> が表示されたということです。

本当に、"texmf.cnt"ですか？
"texmf.cnf"の間違いではないですか？
"texmf.cnf"であれば、解決方法が以下のサイトで提示されています。

http://www.tamagawa.ac.jp/gakubu/kougaku/media/cyber/notebook2004/index2.html

エラーメッセージは正しく提示してください。
エラーメッセージが間違っていれば、正しい解決方法も提示できません。

その通りです。
texmf.cnf:Permisson denied
と出てきます。

デスクトップにあるcygwinをクリックしてtexmf.cnfがどうのこうのと表示されたら以下のコマンドを大文字小文字を間違えずに入れて実行してください。
　chmod 755 /usr/share/texmf/web2c/texmf.cnf
chmod 755 /usr/share/texmf/ls-R
一度cygwinを終了させ、もう一度cygwinを動かすとエラーが消えるはずです。

と書かれていたので支持通りにやったところ、今度は
ls-R: Permission denied
と出てきました。
これはどう対処すればよいでしょうか？

> chmod 755 /usr/share/texmf/ls-R
これをもう一度やってみては？
私の環境では777となっていました。

もぐりん様
もう一度
chmod 755 /usr/share/texmf/ls-R
とコマンドを打ちましたが

/var/spool/texmf/ls-R:Permission denied
が消えませんでした。
どうすればよいでしょうか？

> /var/spool/texmf/ls-R:Permission denied
> が消えませんでした。
> どうすればよいでしょうか？

それでは、
chmod 755 /var/spool/texmf/ls-R
としたらどうですか？

ひとまず

[ファイル名]:permission denied

とでたら、

chmod 755 [ファイル名]

としていってください。

/var/spool/texmf/ls-R:Permission denied
だったら、「/var/spool/texmf/ls-R」が[ファイル名]になります。

....って、これくらいの応用、できませんかねぇ？
Cygwinで何をしようとしているかは存じませんが、もう少しCygwinやunixについての勉強をする事をお勧めします。

おかげさまで出来ました。
ありがとうございました。