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デスクトップにあるcygwinをクリックしてtexmf.cnfがどうのこうのと表示されたら以下のコマンドを大文字小文字を間違えずに入れて実行してください。
　chmod 755 /usr/share/texmf/web2c/texmf.cnf
chmod 755 /usr/share/texmf/ls-R
一度cygwinを終了させ、もう一度cygwinを動かすとエラーが消えるはずです。

と書かれていたので支持通りにやったところ、今度は
ls-R: Permission denied
と出てきました。
これはどう対処すればよいでしょうか？

> chmod 755 /usr/share/texmf/ls-R
これをもう一度やってみては？
私の環境では777となっていました。

もぐりん様
もう一度
chmod 755 /usr/share/texmf/ls-R
とコマンドを打ちましたが

/var/spool/texmf/ls-R:Permission denied
が消えませんでした。
どうすればよいでしょうか？

> /var/spool/texmf/ls-R:Permission denied
> が消えませんでした。
> どうすればよいでしょうか？

それでは、
chmod 755 /var/spool/texmf/ls-R
としたらどうですか？

ひとまず

[ファイル名]:permission denied

とでたら、

chmod 755 [ファイル名]

としていってください。

/var/spool/texmf/ls-R:Permission denied
だったら、「/var/spool/texmf/ls-R」が[ファイル名]になります。

....って、これくらいの応用、できませんかねぇ？
Cygwinで何をしようとしているかは存じませんが、もう少しCygwinやunixについての勉強をする事をお勧めします。

おかげさまで出来ました。
ありがとうございました。