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長文お許しください。
OSはWindowsXP Proです。
Cygwinをフルインストール後、startxにてxtermが起動出来る事は確認しました。その後、これでは少し寂しいので、WindowMaker（twmとかでもいいんですが）を起動したかったので、/home/hoge/.xinitrcを次のように設定しました。

-----ここから-----
#!/bin/sh
# $Xorg: xinitrc.cpp,v 1.3 2000/08/17 19:54:30 cpqbld Exp $

userresources=$HOME/.Xresources
usermodmap=$HOME/.Xmodmap
sysresources=/usr/X11R6/lib/X11/xinit/.Xresources
sysmodmap=/usr/X11R6/lib/X11/xinit/.Xmodmap

# merge in defaults and keymaps

if [ -f $sysresources ]; then
xrdb -merge $sysresources
fi

if [ -d /usr/X11R6/lib/X11/fonts/TT ]; then
xset fp+ /usr/X11R6/lib/X11/fonts/TT
fi

if [ -f $sysmodmap ]; then
xmodmap $sysmodmap
fi

if [ -f $userresources ]; then
xrdb -merge $userresources
fi

if [ -f $usermodmap ]; then
xmodmap $usermodmap
fi

# start some nice programs
#xset fp+ /usr/X11R6/lib/X11/fonts/MS/

#xclock -geometry 50x50-1+1 &
#xterm -geometry 80x50+494+51 &
#xterm -geometry 80x20+494-0 &

xsetroot -solid gray &
xbiff -geometry -430+5 &
oclock -geometry 75x75-0-0 &
#xload -geometry -80-0 &
xterm -geometry +0+60 -ls &
xterm -geometry +0-100 &
#xconsole -geometry -0+0 -fn 5x7 &

#twm &
#exec xterm -geometry 80x66+0+0 -name login
exec wmaker
-----ここまで-----

これをホームディレクトリに保存した後、startxをすると、
次のようなログメッセージが出力されて起動されません。

----ここから-----
Could not init font path element /usr/X11R6/lib/X11/fonts/CID/, removing from list!
winPointerWarpCursor - Discarding first warp: 640 512
winInitMultiWindowWM - pthread_mutex_lock () returned.
winMultiWindowXMsgProc - pthread_mutex_lock () returned.
winMultiWindowXMsgProc - pthread_mutex_unlock () returned.
winMultiWindowXMsgProc - DISPLAY=127.0.0.1:0.0
winInitMultiWindowWM - pthread_mutex_unlock () returned.
winInitMultiWindowWM - DISPLAY=127.0.0.1:0.0
winProcEstablishConnection - Hello
cat: /home/itai/.Xauthority: No such file or directory
winInitClipboard ()
winProcEstablishConnection - winInitClipboard returned.
winClipboardProc - Hello
DetectUnicodeSupport - Windows NT/2000/XP
winClipboardProc - DISPLAY=127.0.0.1:0.0
winInitMultiWindowWM - XOpenDisplay () returned and successfully opened the display.
winMultiWindowXMsgProc - XOpenDisplay () returned and successfully opened the display.
winClipboardProc - XOpenDisplay () returned and successfully opened the display.
wmaker fatal error: it seems that there is already a window manager running
winClipboardProc - Call to select () failed: -1. Bailing.
winClipboardProc - XDestroyWindow succeeded.
winDeleteNotifyIcon - Shell_NotifyIcon failed

waiting for X server to shut down xterm: fatal IO error 32 (Broken pipe) or KillClient on X server ":0.0"
xterm: fatal IO error 32 (Broken pipe) or KillClient on X server ":0.0"

winClipboardIOErrorHandler!
-----ここまで-----

すでにwindow managerが起動していますよ、というメッセージが出ているかと思うのですが、Windows上でWindowMakerを起動するのは無理なのでしょうか。

何とか起動する方法があればご教授願えないでしょうか？
宜しくお願いします。

既出でした。
失礼しました。

すいません。
この過去ログの2041で書かれてありますように、multiwindowモードの記述をstartxwin.shから削除し、startxwin.shを起動しましたが、以下のメッセージで起動が停止してしまいます。
-----ここから-----
XFree86-Bigfont extension local-client optimization disabled due to lack of shared memory support in the kernel
(--) Setting autorepeat to delay=500, rate=31
(EE) LoadKeyboardLaout failed.
(--) winConfigKeyboard - Layout: "E0010411" (00000411)
(--) Using preset keyboard for "Japanese" (411), type "7"
Rules = "xorg" Model = "jp106" Layout = "jp" Variant = "(null)" Options = "(null)"
(--) 3 mouse buttons found
Could not init font path element /usr/X11R6/lib/X11/fonts/CID/, removing from list!
winPointerWarpCursor - Discarding first warp: 637 473
winProcEstablishConnection - Hello
winInitClipboard ()
winProcEstablishConnection - winInitClipboard returned.
winClipboardProc - Hello
DetectUnicodeSupport - Windows NT/2000/XP
winClipboardProc - DISPLAY=127.0.0.1:0.0
winClipboardProc - XOpenDisplay () returned and successfully opened the display.
-----ここまで-----
起動しているかにも見えますが、ウィンドウマネージャは起動していません。
続けて宜しくお願いします。

Cygtermを起動しなおすと、XWindowが起動しました。
が、.xinitrcのexec wmakerの記述が有効になっていないのか、wmakerが起動していないようです。（砂嵐のような背景にxtermが起動されている。）
ためしにそのxtermでexec wmakerすると、起動しました。
.xinitrcは有効にならないものでしょうか。

デフォルトの設定はXサーバにビルドインされたウィンドウマネージャが起動するの。
デフォルトのウィンドウマネージャは、ルートレスでWindowsのデスクトップと親和性が高いカモ。

もしＷｉｎｄｏｗＭａｋｅｒなど、ほかのウィンドウマネージャを利用したい場合はねぇ・・・
Xサーバのオプションを変更する必要がありますのよ。