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└◇897:cygwinでELF [kokoko] 01/06 10:09

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Cygwinのgcc, ldはデフォルトではpe-i386形式ですが、
elf形式を出力させたい場合はどうすればいいのでしょうか？

用途によりますが、objcopy で elf に変換ではだめでしょうか。
ld にやらせるには binutils を作り直さないと難しいのではないかと思います。
現状の as は coff しか出力せず、ld は coff から elf を出せないようですので、as か ld または双方を変更する必要があるように思います。