まず、WINDOWSから見て、
C:\cygwin\home
の下に、ご自身固有のディレクトリを作られているはずです。
CYGWIN上で、
cd ~
とやれば、そのディレクトリに行きます。必要ならさらにサブディレクトリabcを
mkdir abc
などとして準備しましょう。
ソース・ファイル(xyz.cとします)をこのディレクトリにおいて、このディレクトリ上で、
gcc xyz.c -o xyz.exe 2>xyz.res
などとすればコンパイルできると思います。
コンパイル・エラーは、cat xyz.resとすれば確認できるでしょう。
あとはデバガの使い方など、GNUソフトウェア・プログラミング(O'Reilly, Mike Loukides, Andy Oram著、引地美恵子、引地信之訳)などをよく読んでください。
私も、LINUXは超初心者です。がんばってください。
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