私もここしばらく(1~2ヶ月？) apache 等がうまく動かず、cygwin のバージョンアップを見合わせていたのですが、本日強引な解決をみました。 やったことは以下のとおりです。
1 cygwin の全モジュールを、setup.exe でアンインストール
2 WindowsXP 再起動
3 setup.exe で cygwin の default インストール(local disk から)
4 setup.exe で cygwin の 全モジュールインストール(local disk から)
5 setup.exe で 最新モジュールをダウンロード
6 setup.exe で 最新モジュールをインストール
apacheパッケージに mod_auth_dbm が含まれてない様で、 httpd.conf のこれに関する 2行をコメントアウトしました。
Perlですが、@INC から /usr/lib/perl5/site_perl が無くなったので、そこに入れていたものは /usr/lib/perl5/site_perl/5.8 等への移動が必要です。 また、perl-libwin32 がPerl本体に追従してくれました。 これでやっと新らしいPerlを使って Windowsレジストリへのアクセスができます。 別途CPANからダウンロードした DBI-1.48 と DBD-Pg-1.41 ですが、configure/make/動作とも大丈夫の様です。
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