Cygwin用の.exeファイルを実行するなら、
・cygwin1.dllと.exeファイルにPATHを通す
・cygwin1.dllと.exeファイルをPATHの通っている
ディレクトリにコピーする
・CDでcygwin1.dllと.exeファイルのあるディレクトリに
移動して実行する
・cygwin1.dllにパスを通して、.exeファイルをWindowsの
フルパス(C:\Cygwin\bin\〜.exe みたいな感じ)で実行する
など、Windowsのシステムがcygwin1.dllと実行ファイル
(場合によっては、他の関連するDLL)を見つけられるように
すればできます。
また、cygwinで使用した時と同じ振る舞いをするので、
ファイル名などを指定する時は注意が必要です。
(*.*と書いても全ファイルを指定した事にはなりません
....たしか)
で、今ある情報から答えられるのはこの程度。
そもそも「シェル」って何を指してるの?
Cygwin.batを起動したら「bash」って「シェル」が
(対話形式で)起動しているんですけど。
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