"undefined reference to `opendir'" とエラーが出るのはどういった
タイミングでしょうか?
少くとも、$ nm -o /lib/libcygwin.a | grep opendir とすると、
/lib/libcygwin.a:d000342.o:00000000 I __imp___opendir
/lib/libcygwin.a:d000342.o:00000000 I __nm___opendir
/lib/libcygwin.a:d000342.o:00000000 T __opendir
/lib/libcygwin.a:d000939.o:00000000 I __imp__opendir
/lib/libcygwin.a:d000939.o:00000000 I __nm__opendir
/lib/libcygwin.a:d000939.o:00000000 T _opendir
となりますので、/lib/libcygwin.a が存在するかどうかを確認し、
存在しないのなら cygwin-1.3.xx-y.tar.bz2 を再インストール、
存在するのなら、おそらく /usr/lib/gcc-lib/i686-pc-cygwin/ 以下の
specs がおかしくなっているでしょうから、
gcc, binutils あたりを再インストールしてみてはいかがでしょう。
ちなみに、うちではopendir,readdirを含むソースも問題なくビルドできます。
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