私も Cygwin は初心者なので適切なアドバイスはで
きませんが、パーミッション関連でエラーが
発生していると、色々な場面で問題になる可能性が
あるので、私はフォーマットを選択しました。
私の場合は cron 関連で /etc/passwd を変更して同じような
エラーが発生し、その副作用で cron デーモンがファイルを
作成できなくなりました(/var/cron/tabs/Admin...など)。
フォーマット以前に Cygwin 関連のファイルや
レジストリーを全て削除した後で再インストールした
のですが、改善されないので最後の手段でフォーマット
となりました。
私の環境は、
Win2000 + SP2、FileSystem... NTFS Cygwin 1.3.10(0.51/3/2)
ハードは VAIO(PCG-SR9/K) です。
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