とりあえず、cygwin上のgccでコンパイルしたアプリケーションならcygwinの
unixエミュレーションのコアであるcygwin1.dll等を配布パッケージに含めれば
良いのではないでしょうか。
作成した*.exeファイルをobjdumpしてDLLリンクしている情報を参照すれば
必要なライブラリの種類がわかるはずです(VisualC++ならDepWalkerもありましたね)
unix独特のライブラリ、例えばreadlineやncursesを使っているならば、それらの
DLLも配布に含める必要があると思います。
それらをzipとかlhaアーカイブに固め一緒に配布するか、インストーラで
システムディレクトリにインストールするように設定すれば良いのでは
ないでしょうか。
(実際ウィルススキャンのclamavやcygwin版のrubyではcygwin1.dllも配布されます
よね。ただしこの場合はライセンスに関係するので配布されるアプリケーションは
注意が必要になると思います)
作成したアプリケーションがどのようなものか推測の域を出ないので何とも
言えないですね。単にコマンドラインをパイプで利用してるだけという事も
ありえるし。
#実際に作ったアプリケーションを>2949さんが晒せば良いアドバイスが見つかる
#かもしれない・・・・
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