c:\autoexec.bat は WindowsXp では必要ありません。(紹介したページにも書かれてなかったと思います)
環境変数は WindowsXp では、どこで設定するか分かりませんが、CYGWIN=ntsec だけで問題ないと思います。
PATH はインストール時に作成される bat ファイルに Cygwin をインストールしたディレクトリ (cygwin1.dll があるところ) の bash.exe を起動するようになっていますので、PATH も基本的に通ってなくても初回起動には問題はないはずです。
最近のインストーラーで 1 からインストールしたことないのですが、Windows2000 の PATH には (inetd 用以外には) 基本的に Cygwin 関連の PATH は含めてませんね。
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