・まず最初に、initdb は実行されましたか?
・initdb を実行したなら、PostgreSQL のデータが格納される
ディレクトリが作成されているはずです(それがどこかは、
initdb の引数で指定したはずです)。pg_hba.conf と
postgresql.conf はその下にあります。
本文中から察するに、/usr/local/pgsql/data でしょうか。
・/usr/local/pgsql/data にアクセスできない件については、
/usr/local/pgsql/data のパーミッションを調べてみて下さい。
多分、所有者 postgres で、700 になっていると思います。
Windows には UNIX の root のように「全てのファイルを読み書き
可能」という都合のよいユーザはいませんから、このような
ディレクトリには postgres ユーザしかアクセスできません。
・「postgresqlを操作するときに」という意味がよくわかりませんが、
psql などを使う場合は、明示的にユーザを指定すれば OK です
(「psql -U postgres -h localhost DB名」など)。
・繰り返しますが、Cygwin 提供のパッケージを利用して、
/usr/doc/Cygwin 以下にあるPostgreSQLのドキュメントの通りに
行えば、問題なく動きます。なぜソースからのインストールに
拘るのか、よく分からないのですが。
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