情報として、
どんな DLL が読み込めないとエラーがでるか、
その DLL は存在するのか (Explorer で検索してみて下さい)、
そのエラーの出るコマンドは何か (setup.exe でインストールされたもの?)、
Cygwin 起動時 (batch ファイル) の PATH、
Shell (bash) の設定の PATH、
などがあればアドバイスしやすいと思います。
私の場合、
・batch ファイルの PATH は、設定なし。
・~/.bashrc の PATH は
PATH=/usr/local/bin:/usr/local/apache/bin:/usr/local/tex/bin:/usr/local/gnuplot/bin:/bin:/sbin:/usr/i686-pc-cygwin/bin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/apache/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/htmllint:/usr/local/canna/bin:.
となってます。
bash を起動した後で、startx してますので、.bashrc 側に PATH を含めています。
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