"nothing needed to be installed" と出るのは、setup.exeが何もすべきことがないからです。
つまり、あらたに追加インストールするものがなく、uninstallやreinstallするものがないということです。
とりあえず、cygwin全体を"reinstall"してみるというのはどうでしょう。
setup.exeを起動して、パッケージ選択のところで
"+ALL Default"("Default"のところは違う表示になっているかも)とかなっているところを
clickして、"+All Reinstall"にして、次へ進んでください。
また、アイコンのリンク先がおかしくなっていることも考えられるので、
アイコンを右クリックしてリンク先をチェックしてみて下さい。
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