基本的には、"&" を書く/書かないで済ませる、という意味の設定の変更はありません。
例えば、同じ名前でなくてよいならば、HOME の下の .bashrc に
note () { notepad "$(cygpath -w "$1")" & }
あるいは
note () { cygstart notepad "$(cygpath -w "$1")"; }
と書いておけば、次に login した後からは、
note foo
と、関連付けとは無関係に呼び出せるので、ご希望に近い設定かもしれません。
ちなみに、cygstart コマンドは cygutils パッケージのインストールが必要です。
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