/etc/passwd を新しく作り直すか、該当ユーザの情報を削除しましょう。
Win環境のユーザ管理とは別に Cygwin環境用のユーザの登録情報の修正も必要です。
このファイルの意味をご存知ならば、どんな方法で編集や再生成してもかまいません。
(念の為、例えば、
grep -v "^user_name:" /etc/passwd > /etc/passwd.new
mv /etc/passwd /etc/passwd.bak
mv /etc/passwd.new /etc/passwd
くれぐれも your own risk で)
いちおう、"net user" と実行して、Windows 側ユーザが削除されていることを確認しておいてください。
以下、余談。
通常は、/etc/passwd に情報が残っていても、Cygwin へ login する時には、Windows側での認証を利用するようなので、Win側のユーザと対応がついていなければ login できない筈です。
ただし、SSH の鍵による認証であれば、Win側の認証と無関係なので、ご質問にあるような状況は起こりうるでしょう。
(逆に、Win側へユーザを追加しなくても、/etc/passwd へだけ登録して SSH の認証で login する程度の仮ユーザを用意することもできます。権限の問題等で不都合があるかないかは確認していませんが)
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