>gnuplotのホームページをいろいろと渡り歩きましたがわかりません。
調査不足ではないとすれば、例えば google で "gnuplot Cygwin" で検索したサイトなどを見てもわからない、ということでしょうか?
状況と目標がいまひとつよくわかりませんが…
A. 上記の検索結果には、X11を使わない "Win32対応のCygwin版の gnuplot" に関する情報もあるはずです。
B. あるいは、X11に関してなど、基本的なところから聞かないと駄目、ということでしょうか? UNIX などでX11を使ったことはあるでしょうか?
C. またはとりあえず、慣れない Cygwinではなく、Win上で動く gnuplot ものでそれを使うという選択も妥当だと思うのですが。
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