あと、そもそもipc-daemon2 が起動できていない可能性が大きいですね。
# というのに、pgsql-cygwinメーリングリストを見ていて、遅ればせながら気がついた。
> creating template1 database in /var/postgresql/data/base/1... FATAL: could not create shared memory segment: Function not implemented
> DETAIL: Failed system call was shmget(key=1, size=1081344, 03600).
> > initdb: failed
> [1]+ Done ipc-daemon2
のように、ipc-daemon2 のプロセスが終了（Done）していますし。もしそうなら、当然、Function not implemented になるわけで、こちらでもipc-daemon2を止めると同じエラーになりました。
もしそうなら、ipc-daemon2をちゃんと起動させればよい、と。
/tmp を掃除して（ipcrmを実行、あるいは自分でrmで消す）を行い、再度、ipc-daemon2の起動〜initdb実行ではいかがでしょうか？
また、cygcheck -c cygipcして、OKではなくIncompleteであったら、再インストール (setup.exeで、reinstallを選ぶ）で。
それでも解決しなかったら、本家のリリースノートとかMLとか pgsql-cygwin MLを検索、で本家でも質問してみる、とか。
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