ちょっと話が伝わってないようなので、メモ代わりに。
自力で調べてもらえるほうがうれしいのですが。
大量のファイルの所有者やアクセス権を変更するには、UNIX(Cygwin)ではコマンド chmod, chown の -Rが使えるでしょうし、Windows にもコマンド cacls /T が使えます。
ただし、上記は使うユーザがそれらのファイルの属性を変更できるような権限(例えば Administrator)を持っていることが必要ですし、権限に関する知識や注意も必要なので、at your own risk でお試しください。
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