ええとですね… 本来 WinXP でも標準的な状態であれば、そのまま正常に /home/foo が HOMEになります。
/etc/passwd のエントリや mkpasswd の出力ではどうなっていますか?
個人的には、Windows側のシステムや環境変数で HOMEを指定してしまうのは、不整合がおきやすくトラブルの元だと思います。
(自分で設定しているのを忘れて大騒ぎする人も少なくないので)
なので、Windows側でいっさいのHOMEの指定をやめてから reboot, Cygwinの再インストールを行い、それでもだめなら(原因追求をあきらめて) /etc/passwd のエントリを書き直すのが、正統的な手段だと思うのですが…
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