nilさん申し訳ありませんでした。ご相談にのってもらうなら、cygcheckの結果をのせるべきですね。
この問題が、とりあえず解決したので原因と解決法を示しておきます。
私の場合の原因は、どうやらテンポラリファイルの作成に失敗していたようです。そこで、環境変数のTEMP・TMPをデフォルトの"%USERPROFILE%\Local Settings\Temp"を変更することで解決しました。("D:\Temp"に変更)
texさん、長さんcygwinで、"strace -f -o trace.txt gcc ソースファイル"とコマンドしてみてください。テキストファイルのエラー部分を追ってみれば、原因が分かるかもしれません。
長々と駄文を申し訳ありませんでした。
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