Windows上のソースのアイコンをダブルクリックして秀丸エディタが起動されるように関連付けしているのであれば、cygwinでソースを修正するときに、以下のコマンドを実行すればＯＫです。
% cygstart ファイル名
cygstartは、拡張子に関連付けられているアプリケーションを起動するコマンドです。
もしくは、ソースが置いてあるフォルダを開いて、秀丸を起動すればＯＫです。
cygwinのフォルダがWindowsのフォルダと対応しているのかを調べるには、以下のコマンドを実行すればＯＫです。
% cd ソースがあるフォルダ
% cygpath -w "`pwd`"
cygstartとcygpathの詳細については、Google等で検索してください。
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