違います。はじめに言っているように "パッケージctags" の ctagsでは使えます。
古いどうこうではなくて、"パッケージxemacs-tags" の ctagsは別の ctagsなのです。
衝突するのに両方入れているから、目的のほうの ctagsが残らないで使えないでいるのです。
このままでは setup.exeで updateすると同じことが起きる可能性があるので、他の方もおっしゃっているように、"xemacs-tags"を "Uninstall"(削除)して "ctags"を "Reinstall" する必要があるのです。
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