既に知っているであろうという事を前提であえて言いますが、
そのファイル名にチルダが付くという問題はDOSの頃の
ファイル名の文字制限、8+3文字が理由であることをまず
指摘しておきます。
次に、ファイル名が8文字以上と長くなればWindowsの
DOSコンソール上でのファイル名は短縮され、ファイル名は
8文字に収まる形でチルダと数字によって変換し表示され
る、という点も確認してください。
上記の点を踏まえ、貴方の利用しているマシンやOS等の
環境を確認し、他のシステムとの違いが現れているか確認
してください。
(FAT16等のファイルシステムやOSによって発生している
可能性も考えられます~1)
#さらに付け加えると、zxcv氏が言っているのはcygwinの
#Bashシェル上ではなく、Windows側のDOSプロンプト、
#或はコマンドプロンプト上でDIR /Xと入力するという意味
#です。
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