Win2kの問題もあるのではないかと、レジストリを書き換えてみたところ少し改善しました。
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[HKEY_LOCAL_MACHINE]->[SYSTEM]->[CurrentControlSet]->[Control]->[SessionManager]->[MemoryManagement]を開き中にあるIoPageLockLimitを搭載メモリにあわせて値を設定しなおす。
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cygwin自身の問題を解決していないのでまだまだです。
デジカメのドライバーを入れたら同様の症状になったという英語のレポートをたよりにトラブル時にインストールしたアプリをアンインストールしたりしているのですが、だめです。
DLLファイルの不要なものも削除しました。
もちろんcygwin自身も再インストールしました。
それでも同じ症状なのはやはりWindowsのほうに何か問題でも。
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