もう少し詳しい情報を書いたらレスが得られるかも。
・waningが出るプログラムと出ないプログラムの例（できるだけシンプルなものがよいでしょう）。またコンパイルするときに
どのようなオプションをつけていますか？
・Cygwinのgccでも起こりますか？
・newline（改行）が問題となるとすぐに思いつくのは
WindowsとUNIX系OSとの改行コードの違いです。
Cygwinをインストールする際、Default Text File Type
として、Dos と Unix どちらを選択してますか。
またプログラムを書くのにどのようなエディターを使ってますか？
・実際にファイルエンドの改行コードはどうなっているでしょうか。
$ dump foo.c | tail
とすれば、コードが見れます。warningが出るものと出ないもので何か違いがありますか？
以上、思いつきで書いた、アドバイスを得るためのアドバイスでした。
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