pTexをインストールした際にPATHの設定を
したはず。それでCygwinを使っているときも
Texのフォントなんかを捜すのにpTexをインストール
したディレクトリを見にいってしまうのでしょう。
とりあえず、pTexインストール時におこなった
設定を、バックアップを取ってから、
もとにもどし、lilypond関係を(Texも含めて)
reinstallしてやるとちゃんと動くと思われます。
本当は、CygwinのTexとpTexを上手に共存させるのが
ベストだとおもいますが、それはあっしには、にはか
にはわからんです。
誰かレスしてくんないかな?
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