私も、Microsoft Windows Services for UNIX 3.5 （以下SFU）は使って
いないので以下、確認はとれていませんし用語も一部不適切です。
・SFUはWindows2000以降（WindowsXP Home不可）でなければ動作しないが、
CygwinはWindows9x/Meでもある程度動作する。
・SFUはOSレイヤの実装なので高速だが、Cygwinは アプリケーションレイヤ
でエミュレーションしているため安定性に欠けたり処理が遅い機能がある。
・SFUはPOSIX.2のAPIをサポートしているが、Cygwinは一部の機能の互換性が
なかったり機能が足りなかったりする。
・SFUは国際化されているが、Cygwinの国際化はマルチバイトのサポートが
十分ではない。
・SFUは英語版と日本語版でライブラリのバイナリ互換性がない。
私は、Cygwinより安定しているのであれば移行してしまおうと思います。
SFUでメイクしたバイナリの配布条件はどうなるのか調べても分かりません
でした。
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