状況が良くわからないのですが…、
cygwinをショートカットなどから起動せず、
コマンドプロンプトを起動して、
cygwinをインストールしたディレクトリの下のbin
に行く。
C:\Documents and Settings\foo> chdir c:\cygwin\bin
(インストールディレクトリがc:\cygwinでない場合は
適当に読み変えてください)
そこで以下の様にbashを起動するとどうなるでしょうか?
c:\cygwin\bin> bash --login -i
何かエラーメッセージがでないでしょうか?
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