| > ありがとうございます。普通にcygwinを使うことができたんですが、cygwinのショートカットからはいけないでしょうか?
 一度ショートカットを作り直してみてはどうでしょう。
 やり方は簡単です。ショートカットを削除してからsetup.exeを起動してください。
 パッケージを何もインストールせずに最後まで行くとそこで
 setup.exeがショートカットを作成してくれます。
 ショートカットを作成し直してもだめなら
 /cygwin.bat
 編集する必要があると思われます("cygwinのショートカット"は実際には
 cygwin.batへのショートカットです)。
 windowsのエクスプローラでcygwinをインストールしたフォルダを
 開いて、cygwin.batのアイコンを右クリック->編集で
 メモ帳でcygwin.batを開きます。
 cygwin.batの内容は簡単で、
 
 @echo off
 
 C:
 chdir C:\cygwin\bin
 
 bash --login -i
 
 というようなものです。つまり、前回コマンドプロンプトで手動でやってもらった
 作業をバッチファイルにしてあるだけです(最初の@echo offはメッセージの
 出力をしない、という意味です)
 おかしなところがあったら直して下さい。
 なお。このcygwin.batを直接クリックしてもcygwinを起動できます。
 直接クリックしてcygwinが正しく起動できるかどうか確かめておくと良いでしょう。
 それでcygwin.batが壊れてないかどうか確認できます。
 >  後、cygwinを終了するときexitではなくて右上の×を押して終わらしてもいいんですか?
 それで何かがおかしくなる、ということはないかもしれませんが、
 やはりexitでbashを終了させた方が良いでしょう。
 そうしないとbashは通常の終了手続を踏まずに強制終了されるようです。
 例えばコマンド履歴が保存されなかったりします。
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