失礼、/ (root dir.) で実行するか、下記のように /$d のようにしてください。
for d in `ls -A /`; do echo "=== $d"; find /$d -print >/tmp/find-$d; done
> /cygwin.bat.0d0a
/etc/passwd, /etc/group の中身もおかしかったようですが、通常は、こういうファイルなりディレクトリも作成されません。
ひょっとして、control char などが混じっているようだと、ls のオプションをきちんとするか、あらかじめ Windows 側などで確認が必要でしょう。
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