>いったん設定ファイル(.bashrc等)をバックアップCygwinを削除(怪しいディレクトリキーもdel)、
>AdministratorでWindowsにローカルログオンしてCygwin再インストし、
そうするべきでしょうね。
権限に制限があって、そのために
いろいろうまくいかないことがでて来るのは
わずらわしいでしょう。
もっと言えば、初期インストール段階のトラブルを
避けるために、そのマシンでの最大限の権限を持つユーザで
インストールし、そのユーザでCygwinを使用すべきです。
制限された権限を持つユーザでどのように使用するかは、
あるていどいろいろな事情が判って、どのようなパーミッションの設定が必要か自分で判断できるようになってからにすべきです。おそらく手作業でいろいろな変更をする必要がでて来るでしょう。
この辺はUnixやLinuxとは雰囲気の違うところです。
UnixやLinuxなら、*本当に必要な場合*以外はrootアカウントを使うべきでは無いでしょう。
なお、質問する際にはなによりもまず、あなたの使用している
アカウントがどのような種類のものかを説明すべきではないでしょうか?
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