とりあえず、/binがあやしそうですね。
/libはちょっと不明。
updatedb --prunepaths='/cygdrive /usr /var /sbin /home /etc'
あるいは/bin、/libどちらか一方をさらに加えた場合
どうなるかを調べたらどこが問題かは結論が出そうです。
>$ ll /usr/var/
>ls: /usr/var/locatedb.n: No such file or directory
このlocatedb.nを何とか消去しないといけないですね。
cygwin側から消せないなら($ rm /usr/var/locatedb.n)、
Windows側から消せないでしょうか？
とりあえず、/usr/var/には他にファイルが無いようなので、
$ mv /usr/var /usr/var_OLD
$ mkdir /usr/var
として、ディレクトリを作りなおしたらどうでしょう。
その際一応パーミッションをもとと同じに設定して下さい。
$ getfacl /usr/var_OLD | setfacl -f - /usr/var
さて、仮に/bin が問題の種だとして、なにが起きているかは
ちょっとわかりません。
$ find /bin -name 'cygwin.bat'
などとしてエラーが出ないとしたら、
find が /bin から、/ に戻ろうとするときにエラーになる、
ということだと思うのですが。
/bin が /usr/bin にmountされていることと何か関係があるのでしょうか…。
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